N,O-Bis(trimethylsilyl)trifluoracetamid (BSTFA) (CAS: 25561-30-2) wird für die Synthese pharmazeutischer Zwischenprodukte verwendet. Wird als Reaktant bei der Herstellung von Pyrimidinonribosiden und Analoga mit Antitumoreigenschaften verwendet. BSTFA mit Trimethylchlorsilan hat Anwendung in der Gaschromatographie (GC) und Massenspektrometrie (MS) gefunden. BSTFA ähnelt BSA hinsichtlich der Spezifität der Modifikation und es gibt mehrere Studien, in denen beide Reagenzien verwendet wurden. In einer Studie wurde festgestellt, dass BSTFA BSA in Bezug auf Produktstabilität und Derivatausbeute überlegen ist. In einer anderen Studie wurden mehrere Trimethylsilyldonoren für die Endkappenbildung von Silica verglichen und festgestellt, dass BSTFA reaktiver als BSA, aber weniger reaktiv als TMCim war. Sowohl BSA als auch BSTFA wurden zur Herstellung von Trimethylsilylderivaten von Pyrimidinen und Purinen verwendet. BSTFA wird für analytische Zwecke oder als chemisches Reagenz für die Synthese komplexerer Moleküle verwendet. Es handelt sich um ein Silylierungsreagenz, das in der GC und GC/MS zur Derivatisierung einer Vielzahl funktioneller Gruppen unter milden Bedingungen nützlich ist. BSTFA ist ein wichtiges pharmazeutisches Zwischenprodukt, das die Polarität hydroxyhaltiger Verbindungen verringern und deren Flüchtigkeit erhöhen kann, wodurch Proben besser für die GC-Analyse geeignet sind. Als mildes neutrales Silanylierungsreagenz weist es nicht nur eine hohe Reaktivität und gute Selektivität auf, sondern bietet auch die Vorteile einer hohen Reaktionsausbeute und einer einfachen Nachbehandlung. Es wird auch als DAT-Inhibitor und SLC6A2-Inhibitor verwendet. Es wird routinemäßig zur Derivatisierung von Carbonsäuren, Phenolen, Steroiden, Aminen, Alkoholen sowie Alkaloiden und Amiden verwendet.